In contrapposizione a questa Teoria sono state effettuate alcune osservazioni:
Al contrario, assumere contemporaneamente troppi alimenti tra loro diversi potrebbe portare ad una digestione difficoltosa e ad un’anomala assimilazione con l’ instaurarsi di possibili carenze dovute ad un cattivo assorbimento.
A questa osservazione si può replicare che nel cibo le varie componenti non sono mescolate a caso, ma costituiscono un insieme sinergico che l'organismo è in grado di riconoscere; è stato dimostrato che, è il cibo stesso che fornisce informazioni sulle condizioni digestive da attuare.
Ad esempio sono stati effettuati studi sulla digestione dei cereali in cui si è notato che la mucosa dello stomaco si manteneva a pH neutro per un periodo prolungato, in modo da consentire la digestione amidi e, solo quando questa era ultimata, il pH diveniva acido per consentire la digestione delle proteine.Questo fenomeno di regolazione del pH non è stato invece osservato introducendo, ad esempio, pane e carne, infatti il pH diveniva immediatamente acido bloccando la digestione degli amidi.